PCR反應(yīng)的特點是具有較大擴增能力與靈敏性，但重要的問題是易污染，極其微量的污染即可造成假陽性的產(chǎn)生。
 

1、標本間交叉污染:標本污染主要有收集標本的容器被污染，或標本放置時，由于密封不嚴溢于容器外，或容器外粘有標本而造成相互間交叉污染;標本核酸模板在提取過程中，由于吸樣槍污染導(dǎo)致標本間污染;有些微生物標本尤其是病毒可隨氣溶膠或形成氣溶膠而擴散，導(dǎo)致彼此間的污染。
 

2、PCR試劑的污染: 主要是由于在PCR試劑配制過程中，由于加樣槍、容器、雙蒸水及其它溶液被PCR核酸模板污染。
 

3、PCR擴增產(chǎn)物污染.這是PCR反應(yīng)中最主要的污染問題.因為PCR產(chǎn)物拷貝量大(一般為1013拷貝/ml)，遠遠高于PCR檢測數(shù)個拷貝的極限，所以極微量的PCR產(chǎn)物污染，就可造成假陽就可形成假陽性。
 

還有一種容易忽視，最可能造成PCR產(chǎn)物污染的形式是氣溶膠污染；在空氣與液體面摩擦?xí)r就可形成氣溶膠，在操作時比較劇烈地搖動反應(yīng)管，開蓋時、吸樣時及污染進樣槍的反復(fù)吸樣都可形成氣溶膠而污染.據(jù)計算一個氣溶膠顆?？珊?8000拷貝，因而由其造成的污染是一個值得特別重視的問題。
 

4、實驗室中克隆質(zhì)粒的污染:在分子生物學(xué)實驗室及某些用克隆質(zhì)粒做陽性對照的檢驗室，這個問題也比較常見.因為克隆質(zhì)粒在單位容積內(nèi)含量相當(dāng)高，另外在純化過程中需用較多的用具及試劑，而且在活細胞內(nèi)的質(zhì)粒，由于活細胞的生長繁殖的簡便性及具有很強的生命力.其污染可能性也很大。
 

污染的監(jiān)測：一個好的實驗室，要時刻注意污染的監(jiān)測，考慮有無污染是什么原因造成的污染，以 便采取措施，防止和消除污染。

二、污染處理：
1.環(huán)境污染
(1)稀酸處理法：對可疑器具用1mol/L鹽酸擦拭或浸泡，使殘余DNA脫嘌呤。
(2)紫外照射（UV）法：紫外波長（nm）一般選擇254/300nm,照射30min即可。需要注意的是，選擇UV作為消除殘留PCR產(chǎn)物污染時，要考慮PCR產(chǎn)物的長度與產(chǎn)物序列中堿基的分布，UV照射僅對500bp以上長片段有效，對短片段效果不大。UV照射時，PCR產(chǎn)物中嘧啶堿基會形成二聚體，這些二聚體可使延伸終止，但并不是DNA鏈中所有嘧啶均能形成二聚體，且UV照射還可使二聚體斷裂。形成二聚體的程度取決于UV波長，嘧啶二聚體的類型及與二聚體位點相鄰核苷酸的序列。在受照射的長DNA鏈上，形成二聚體缺陷的數(shù)量少于0.065/堿基，其他非二聚體的光照損傷（如環(huán)丁烷型嘧啶復(fù)合體，胸腺嘧啶乙二醇，DNA鏈間與鏈內(nèi)的交聯(lián)和DNA斷裂等）均可終止Taq DNA聚合酶的延伸。這些位點的數(shù)量與二聚體位點相當(dāng)。如果這些位點（0.13/堿基）在DNA分子上隨機分布，一個500bp片段的DNA分子鏈上將有32處損傷位點，那么，105個這樣的分子中每個分子中會至少有一處損傷。相反，如果100bp的片段，每條鏈上僅有6處損傷，105個拷貝分子中將有許多分子沒有任何損傷。這就是UV照射有一定的片段長度限制的原因。

2.反應(yīng)液污染
可采用下列方法之一處理：
(1)DNase I法：PCR混合液（未加模板和Taq聚合酶）加入0.5U DNase I,室溫反應(yīng)30 min后加熱滅活，然后加入模板和Taq聚合酶進行正常PCR擴增。該方法的優(yōu)點是不需要知道污染DNA的序列。

(2)內(nèi)切酶法：選擇識別4個堿基的內(nèi)切酶（如Msp I和Taq I等），可同時選擇幾種，以克服用一種酶只能識別特定序列的缺陷，室溫作用1h 后加熱滅活進行PCR。

(3)紫外照射法：未加模板和Taq聚合酶的PCR混合液進行紫外照射，注意事項與方法同上述UV照射法。

(4)g射線輻射法：1.5kGy的輻射可完全破壞0.1ng基因組DNA,2.0 kGy可破壞104拷貝的質(zhì)粒分子，4.0 kGy仍不影響PCR,但高于此限度會使PCR擴增效率下降。引物可受照射而不影響PCR,g射線是通過水的離子化產(chǎn)生自由基來破壞DNA的。

3.尿嘧啶糖苷酶（UNG）法
由于UV照射的去污染作用對500bp以下的片段效果不好，而臨床用于檢測的PCR擴增片段通常為300bp左右，因此UNG的預(yù)防作用日益受到重視和肯定。

(1)原理：在PCR產(chǎn)物或引物中用dU 代替dT.這種dU化的PCR產(chǎn)物與UNG一起孵育，因UDG可裂解尿嘧啶堿基和糖磷酸骨架間的N-糖基鍵，可除去dU而阻止TaqDNA聚合酶的延伸，從而失去被再擴增的能力。UNG對不含dU的模板無任何影響。UNG可從單或雙鏈DNA中消除尿嘧啶，而對RNA中的尿嘧啶和單一尿嘧啶分子則無任何作用。

(2)dUTP法：用dUTP代替dTTP,使產(chǎn)物中摻入大量dU.在再次進行PCR擴增前，用UNG處理PCR混合液即可消除PCR產(chǎn)物的殘留污染。由于UNG在PCR循環(huán)中的變性一步便可被滅活，因此不會影響含dU的新的PCR產(chǎn)物。

(3)dU引物法：合成引物時以dU 代dT,這樣PCR產(chǎn)物中僅5ˊ端帶dU.UNG處理后，引物失去了結(jié)合位點而不能擴增。對長片段（1-2kb以上）的擴增用dUTP法效率較用dTTP低，而用dU法就可克服這一缺點。dU引物最好將dU設(shè)計在3ˊ端或近ˊ端。該法僅能用于引物以外試劑的處理。

(4)優(yōu)點：可以去除任何來源的污染；UNG處理可以和PCR擴增在同一個反應(yīng)管內(nèi)進行；由于擴增產(chǎn)物中有大量dU存在，可徹底消除污染源。

(5)需注意的是摻入dUTP的DNA不應(yīng)對產(chǎn)物的任何操作有影響，在進行PCR產(chǎn)物克隆時，應(yīng)該轉(zhuǎn)化UNG-（UNG缺陷）大腸桿菌受體菌，否則轉(zhuǎn)化產(chǎn)物會被受體菌UNG消化掉。

4. 固相捕獲法
用于去除標本中污染的核酸和雜質(zhì)，原理如下：

(1）用一生物素標記的單鏈RNA探針與待擴核酸雜交，雜交區(qū)域是非擴增區(qū)。

(2）用包被鏈霉親和素的固相載體來捕獲帶有生物素探針的雜交核酸，通過漂洗可去除污染的擴增產(chǎn)物和雜質(zhì)。

(3）洗脫靶分子后用特異引物擴增非RNA探針雜交區(qū)域。第(2)步的漂洗后可用PCR檢測以確定標本是否被擴增產(chǎn)物或重組質(zhì)粒污染。

5.RS-PCR法（RNA-specific PCR）
也稱為鏈特異性PCR,主要指用于RNA模板的特異性PCR法，該法可明顯降低假陽性而不影響PCR的敏感性。其關(guān)鍵在于設(shè)計引物，逆轉(zhuǎn)錄引物的3ˊ端(A區(qū))有2 0個核苷酸左右為模板的特異性互不序列，5ˊ端2 0個核苷酸(C區(qū))為附加修飾堿基。與mRNA逆轉(zhuǎn)錄后，經(jīng)超速離心使 cDNA與多余引物分開，再用和第二引物(C)以第一鏈cDNA為模板合成第二鏈cDNA,以后的PCR循環(huán)中用逆轉(zhuǎn)錄引物的B區(qū)和引物C進行擴增加尾cDNA,而污染的DNA或質(zhì)粒DNA才不會被擴增。

6.抗污染引物法
該對引物擴增時通過病毒DNA克隆如入質(zhì)粒的位點。這一區(qū)域只存在完整的原病毒中，在重組質(zhì)粒中，這一區(qū)域分成兩個區(qū)域與克隆位點被。如果重組質(zhì)粒污染了標本，也不能擴增出任何條帶，即使出現(xiàn)了擴增帶，其大小也與預(yù)期的不同。只有原病毒DNA才能被引物擴增，因此只要出現(xiàn)預(yù)期大小的擴增帶就可以證明標本是陽性的，該法試用于環(huán)狀靶分子系列。