熒光定量PCR試劑總RNA提取兩種方法
在定量PCR(也稱rt-PCR或qPCR)中,熒光信號(hào)是由熒光探針或熒光DNA結(jié)合染料(如SYBR Green)產(chǎn)生,其強(qiáng)度與PCR產(chǎn)物分子(擴(kuò)增子)的數(shù)量成正比。每個(gè)循環(huán)結(jié)束時(shí),收集熒光信號(hào)強(qiáng)度,通過將熒光強(qiáng)度與循環(huán)數(shù)作圖,qPCR儀生成擴(kuò)增曲線,其表示在整個(gè)PCR過程中產(chǎn)物的累積,通過這個(gè)過程,即可實(shí)現(xiàn)量化。熒光定量PCR試劑操作流程:RNA 提取 → 反轉(zhuǎn)錄 → 設(shè)計(jì)引物 → Q-PCR,下面來介紹總RNA提取操作過程:
A組織樣本:迅速將新鮮的組織切成合適的大小,在液氮中充分研磨后加裂解液裂解,或直接加入裂解液后用勻漿器勻漿。每30-50mg組織加1ml Trizol。
B全血樣品:加入3-5倍體積的紅細(xì)胞裂解液到血樣中,室溫孵育10min,室溫3500rpm離心6min。棄上清,原每2-3ml全血樣品加1mL Trizol。
C細(xì)胞樣品:懸浮液中生長(zhǎng)的細(xì)胞,通過離心收集細(xì)胞后,每1×105?106細(xì)胞加入1mL Trizol,移液器吹打混勻,直接裂解或-80℃儲(chǔ)存一個(gè)月。貼壁生長(zhǎng)的細(xì)胞,有兩種處理方法。一種是移除培養(yǎng)基后,將1mL Trizol直接加入直徑3.5cm的培養(yǎng)皿中裂解細(xì)胞?;蚴窍扔靡鹊鞍酌笇①N壁細(xì)胞消化下來并收集后,再加入1mL Trizol進(jìn)行裂解。(Note:加入Trizol前, PBS充分洗滌細(xì)胞去除殘余培養(yǎng)基。)
1. 直接法
1)加入1ml Trizol試劑,混勻,冰上孵育10min。
2)4℃,12000rpm離心10min,小心轉(zhuǎn)移上清液到不含顆粒的新EP管中。
3)加入200ul氯仿,劇烈振蕩15秒,室溫孵育5min。
4)4℃,12000rpm離心15min。混合液分三層,包括最下面的苯酚 - 氯仿有機(jī)相,中間相和上層水相。小心轉(zhuǎn)移上層水相到新的EP管(大約60%體積的Trizol),不要吸取中間相,可留下少量上層液體?。∟ote:質(zhì)量比數(shù)量更重要!)
5)加入等體積的異丙醇,輕輕地顛倒混勻約10次,室溫放置10min。
6)4℃,12000rpm離心10min。棄上清,1ml 75%乙醇洗滌RNA沉淀兩次。
7)4℃,12000rpm離心5min,棄上清,室溫下風(fēng)干5-10min(不要太干,過度干燥會(huì)導(dǎo)致RNA難溶解?。NA溶于15μl-50μlDEPC水中。
8)立即進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng),或先-80℃長(zhǎng)期保存。
2 、離心柱法(依據(jù)RNA提取試劑盒說明書)
1)1、中步驟1)—4)。
2)加入1/2體積的無水乙醇,輕柔顛倒混勻。如有透明的纖維狀物體,不影響下游步驟。
3)將所有裂解物/乙醇混合物轉(zhuǎn)移至離心柱,置于2mL,靜置2min。4℃,12000rpm離心3min,棄廢液。
4)加入500uL洗滌液,靜置2min。4℃,12000rpm離心30秒,棄廢液。重復(fù)一次。
5)4℃,10,000rpm離心2min以除去殘留的乙醇。
6)將離心柱置于新的RNase-free EP管中,加入30ul-50ulDEPC水,靜置5min, 12000rpm離心2min收集。
7)立即進(jìn)行反轉(zhuǎn)錄反應(yīng),或先-80℃長(zhǎng)期保存。